Существует несколько версий того, когда и кем была построена эта часовня. В средние века считалось, что часовню построил Юлий Цезарь. Это мнение основывалось на том, что большая часть часовни состоит из туфа и черепицы, типичные для римлян строительные материалы. Однако подтверждения правдоподобности данной версии отсутствуют.

Достаточно часто часовню называют «часовней Каролингов» и считают, что она являлась частью величественного замкового комплекса Валкхоф, построенного в VIII веке н. э. Карлом Великим. Основанием для этой теории являет то, что часовня Св. Николая очень похожа на знаменитую Пфальцкапел в Аахене, построенную Карлом Великим и довольно часто им посещаемую.

Одной из самых распространенных версий происхождения часовни, является теория о том, что около X века н. э. часовню построит император Отто III в честь своей матери, византийской царицы Феофано. А многие даже считают, что сама царицы является основательницей часовни. В пользу этой версии говорит тот факт, что часовня построена в византийском стиле, который пришел на территорию современных Нидерландов с приездом Феофану. Царица очень любила бывать в Неймегене и очень часто останавливалась в замке Валкхоф. Эта версия также объясняет почему часовня названа в честь Св. Николая. Дело в том, что в то время в Византии Св. Николай был очень почитаемым святым, тогда, как на территории современных Нидерландах его практически не знали. Сторонники этой версии также считают, что благодаря царице Феофану в Нидерландах появилась традиция чествовать Св. Николая и отмечать праздник Синтерклаас.

Есть и еще один претендент на место основателя часовни – это император Священной римской империи Конрад II, правящий в XI веке. Отсюда и наиболее часто встречающаяся в современных источниках дата основания часовни — 1030 год. Конрад II был фанатичным строителем церквей и вместе со своим приспешником  епископом Утрехтским Бернольдом построил церкви в Девентере, Эммерихе и самом Утрехте. Однако против этой версии говорит тот факт, что часовня Св. Николая построена в византийском стиле, а Конрад II и Бернольд строили церкви исключительно в романском.

Из некоторых источников следует, что во времена правления сына Конрада II, Хендрика III, в результате постоянных набегов норманов и войн с саксами замок Валкхоф был полностью сожжен. Соответственно часовня также должна была быть уничтожена. Возможно предположить, что Хендрик III полностью восстановил часовню с целью укрепления собственной власти, ведь в те времена было так: кто церковь построил, тот и главный. Однако также возможно, что ущерб, причиненный войнами с саксами и норманами несколько преувеличен.

К сожалению, до дошло слишком мало информации, благодаря которой можно было бы точно сделать вывод в пользу одной из предложенных версий. В одном ученые и исследователи сходятся однозначно: что часовня была построена приблизительно в период с IX по XI века и на сегодняшний день является старейшей сохранившейся практически нетронутой часовней в Нидерландах.